A principios de los años 90, la margen izquierda del Nervión atravesaba una época complicada, con unos niveles de paro juvenil superiores al 50% fruto de la reconversión industrial. Ante ese panorama desolador, varios directores de sucursales de LABORAL Kutxa de la zona decidieron compartir conocimientos y recursos, así como buscar alianzas y fondos, para revertir la situación.
Promovida por ese grupo de personas, junto con el respaldo de Bultz-Lan Consulting, en 1994 nació Gaztenpresa, concebida en ese primer momento como un concurso de ideas empresariales. La experiencia fue muy satisfactoria y en los años posteriores, el programa se fue extendiendo gradualmente a otras regiones. Llegando a atender proyectos allí donde existe una oficina de LABORAL Kutxa.
Y así, lo que empezó como una idea para enfrentar un momento difícil, siendo un proyecto de intraemprendizaje, el 16 de septiembre de 2002 se convirtió oficialmente en la Fundación Gaztenpresa.